本计划采取个人报名、专家推荐、学校确认的方式报名。符合条件的学生在清华大学本科招生网（http://www.join-tsinghua.edu.cn）“网上报名”系统进行报名，网上报名成功后，将报名表打印、签字并加盖中学公章。同时下载专家推荐表，由2名副高职称（含）以上相关领域推荐专家填写。最后，需将签字、盖章的报名表扫描件进行网上上载；同时将签字、盖章的报名表原件、专家推荐表、以及其他获奖或成果证明材料一同寄至清华大学招生办公室。
清华大学组织专家组对报名材料进行审核。审核通过者需参加清华大学自主招生笔试，并单独划定笔试通过分数线。笔试通过者参加清华大学安排的相应学科专业面试。
在公示和材料审核过程中，如发现学生、中学或专家存在弄虚作假行为，将取消相关学生报名资格，也将取消所涉及专家以后的推荐资格。
3、 优惠政策
材料审核、笔试和面试通过者，根据成绩在限定专业内给予高考总分最高降60分录取的优惠政策。
特别提醒：学生在申请“拔尖计划”时填报的专业方向须与特长方向吻合方可通过资格审核；学生在高考中填报的专业须与自主认定的限定专业一致方可享受到“拔尖计划”的自主优惠政策。