我院是国务院学位委员会首批确定的具有学士学位和硕士学位授予权的院校之一。我院前身为创建于1958年的芜湖医学专科学校。1971年并入安徽医学院，成为安徽医学院皖南分院。1974年经国务院批准，独立建院并命名为皖南医学院。长期以来，在上级的正确领导和大力支持下，经过几代皖医人的共同努力，学院不断发展壮大，已成为一所较为完备的高等医学本科院校。
本科教育设有临床医学、法医学、口腔医学等9个专业。研究生教育设有药理学、生理学、内科学等14个硕士学位授权点，基本涵盖了基础医学及临床医学各学科。校园占地面积705亩。现有全日制在校生6431人，其中硕士研究生154人；本科5451人；专科826人。
有定量药理、细胞电生理、生殖医学、中医文献等9个研究所（室）及机能学实验中心、形态学实验中心等7个实验中心，并设电化教学中心和计算机网络中心。我院在定量药理、细胞电生理、生殖医学等研究领域在国内具有一定优势和特色。有多项科研成果获得省、部、国家级奖励，其中有些项目的研究达到国内先进水平。
学院现有教职医护员工近1800人，其中教授、主任医师83人，副教授、副主任医师216人。近年来先后有15人荣获国家和省级优秀教师或有突出贡献的中青年专家，42位专家享受政府特殊津贴，9人为省中青年学科带头人培养对象，6人为省跨世纪学术和技术带头人，13人为省中青年骨干教师。
设夜大学及成人教育学院各1所，成教各类各层次本、专科学生共3570人。另有一所校外普教办学点即安徽省计划生育学校。拥有2所附属医院——弋矶山医院和第二附属医院（宣城地区医院）。附属弋矶山医院是一所有115年历史、拥有九百多张病床的省级医院，94年该院被评为全国第一批“三级甲等医院”，成为皖南及皖江地区的医疗、教学、科研、预防中心。学院现有教学实习医院25所，以及一定数量的专业实习基地，保证了学生临床学习的需要。2003年我院本科毕业生就业率达到95.24%。
1998年我院一次性通过了教育部本科教学工作合格评价，被授予“本科教学工作合格学校”。1999年又顺利通过省教育厅的本科教学评议。2002年接受了省基础课教学实验室评估，专家组对我院本科教学工作和实验室建设均给予了较高评价。2003年我院的中药定量药理学实验室被评为国家中医药管理局三级实验室。同年安徽省司法鉴定中心在我院挂牌成立，进一步提高了学院的社会知名度。