中国科学院武汉病毒研究所座落在武汉市风景秀丽的东湖之滨，始建于1956年，是从事病毒学研究的综合性研究机构。
武汉病毒研究所于2002年进入中国科学院知识创新工程试点序列。根据新时期的办院方针，将战略定位和发展目标确定为：面对国家农业可持续发展、人口健康和国家安全的战略需求；面向病毒学研究领域的国际前沿，加强原始科学创新，加强关键技术创新与集成，攀登病毒学研究的科学高峰，为我国农业的可持续发展、人口健康和国家安全作出基础性、战略性和前瞻性贡献。将病毒所建成我国相关领域的重要研究基地、高层次人才培养基地、科学知识传播基地。学科布局上以病毒学为核心，重点开展农业病毒（农业微生物）和医学病毒的研究。通过研究病毒与宿主的相互作用关系，发展病毒（微生物）的控制与利用技术。将分析生物技术作为研究所的技术平台，通过规模分析技术和分子酶工程学等前沿研究，发展适用于病毒学基础研究和实际应用的分析生物技术。通过国家目标与学科前沿的有机结合，形成一种以国家目标带动基础研究的特色研究模式，为我国农业的可持续发展、人口健康和国家安全作出贡献。
病毒所现有科研机构包括分子病毒学研究室、生物防治研究室、分析病原微生物学研究室、中国病毒资源保藏与信息中心；一个国家重点实验室：病毒学国家重点实验室；一个国际联合开放实验室：中、荷、法无脊椎动物病毒学联合开放实验室。
分子病毒学研究室：面向我国人口健康、农业可持续发展及国家安全的战略需求，面向病毒学领域的科学前沿，利用分子病毒学及现代生物技术的研究手段，从病毒基因、基因组、病毒与宿主的相互作用等不同层次，研究病毒感染的分子过程及其伴随的生命现象，揭示病毒感染及其与宿主相互作用的分子机理，发展分子病毒学理论基础，为我国农业的可持续发展，人口健康和国家安全提供强有力的技术支撑。主要学术方向包括人类重要病毒（如免疫缺陷病毒HIV、丙型肝炎病毒HCV、流感病毒、人类巨细胞病毒(HCMV)、肿瘤病毒KSHV、单纯疱疹病毒（HSV）等）和新生疾病病毒（如严重急性呼吸道综合症病毒SARS-CoV）的基因变异、致病性、抗病毒药物治疗和机体防御机理的基础和应用基础研究。从分子流行病学，分子生物学、、基因组学、分子免疫学、抗病毒药物筛选和耐药性机制等方面研究病毒感染与抗感染的机理，为有效地预防和治疗病毒性感染提出新思路和新方法；在农业病毒学方面主要研究昆虫病毒感染的分子机理、基因工程改良构建新型高效的病毒杀虫剂和病毒表达系统构建；经济动物（畜禽和水产养殖动物）病毒病源的分离鉴定、致病的分子机理和防御的关键技术的研究。
生物防治研究室：面向我国农业可持续发展的战略需求，开展有害生物防治及污染环境生物治理研究。在昆虫病毒、杀虫微生物、环境微生物和植物病原微生物菌种资源的基础上，开展特异性基因资源的发掘，功能基因的克隆及功能基因组学研究，获得拥有我国自主知识产权的特异性新菌（毒）株和新基因；通过对微生物杀虫分子机理、昆虫的抗性机理、毒素杀虫活性因子、植物病原的致病机理及其信号传导分子的深入研究，为有害生物的生物防治提供新的思路和方法；开展重组微生物和转基因植物研究，研制新型生物杀虫剂，评估重组微生物和转基因植物对环境的安全性影响。发展新的有害生物防治技术，建立和完善以生物防治为主的病虫害综合防治体系。
分析病原微生物学研究室：发展和创建高效分析方法，研究重要病毒和致病菌的致病机制、耐药机理和灵敏检测技术；研究环境微生物降解化学农药的代谢。主要研究方向包括：研究病毒与活细胞（活体）的相互作用实时过程分子影像，揭示艾滋病毒潜伏感染和流感病毒等侵染过程等机制;研究结核杆菌耐药机理，揭示结核杆菌耐药通路和关键蛋白质功能;通过蛋白质工程的研究，获得高效分析诊断用酶、重要工业用酶及农药降解酶等；研究重要病原和病毒的快速、灵敏检测分析新方法与技术；研究环境微生物降解有机污染物的生理生化、分子生物学及生物修复。主要研究手段包括分子生物学、纳米生物学、病毒分子影像学、分子酶学、免疫学和生物传感技术等。
病毒资源中心：运用病毒学传统分类与分子检测技术，完善我国病毒资源与信息库建设。开展重要医学病毒的溯源研究、病毒遗传变异和分子进化研究，重点开展流感病毒、出血热病毒和疱疹病毒的分子流行病学、分子生物学及病毒基因组学研究。同时开展新生病毒性传染病和重要人畜共患病毒病的分子流行病学调查与病毒溯源研究。
病毒学国家重点实验室：集成了武汉病毒所各研究室中病毒学研究力量，由武汉大学和中国科学院武汉病毒所联合承办。实验室根据科学发展趋势、国家需求和人类健康需要等，瞄准病毒学研究前沿，以引起人类重大和突发性疾病的病毒为主要研究对象，利用分子病毒学及现代生物技术，从病毒、宿主细胞、机体和人群等不同层面，研究病毒感染的分子过程及其伴随的生命现象，揭示病毒免疫、致病、致癌的分子机理以及病毒病的流行规律；完善我国病毒资源与信息库；发展病毒病诊断、预防和治疗的新技术。研究方向定为：①病毒遗传变异与分子流行病学；②病毒与细胞相互作用的分子机理；③病毒的免疫与致病机理；④病毒病的防治基础研究。
研究所拥有激光共聚焦显微镜、原子力显微镜、高分辨透射电子显微镜（冷冻）、流式细胞仪、毛细管电泳仪、多功能高效液相色谱仪、气相色谱仪、超速离心机、分析型超速离心机、芯片点样仪、DNA/RNA合成仪、定量PCR扩增仪、凝胶成像系统等现代化科研仪器设备。高等级生物安全实验室P3实验室以及实验动物中心和分析测试中心为科学研究提供强力技术支撑。馆藏图书期刊100万余册。为研究生开展学位论文研究工作开创了良好的条件。对外学术交流频繁，与世界卫生组织、美国、英国、德国、法国、荷兰、丹麦等国际组织和国家建立了良好合作研究关系。现有20多位中外知名学者、专家兼职我所客座研究员。
武汉病毒研究所是1978年恢复研究生招生以来第一批有学位授予权的招生单位。现有微生物学和生物化学与分子生物学两个博士学位和两个硕士学位授予点，博士和硕士研究生导师40余名，在读研究生240余名，其中博士110余名。本所秉承“唯实、求真、协力、创新”的院风，以良好的生活环境、一流的学习和研究条件、丰厚的奖学金，欢迎世界各地优秀的莘莘学子。
微生物学专业（071005）
微生物学专业以农业和环境微生物、普通病毒为研究对象，开展微生物和病毒的基础生物学、分子生物学和生态学研究，利用现代分子生物学手段对微生物和病毒进行遗传工程改良。在建立微生物和病毒遗传与信息资源数据库的基础上，利用微生物和病毒控制农业病虫害的发生，研究微生物对有机污染物的降解机理，建立动植物与食品有害微生物和病毒的快速诊断和检测技术。
研究方向：
1、微生物分子遗传学
主要研究微生物杀虫毒素蛋白特性、毒素蛋白作用方式及结构与功能间的关系、杀虫毒素基因及其它功能基因的克隆和表达、杀虫微生物的遗传改良、重组杀虫工程菌的安全性、害虫对生物杀虫剂的抗性机理及防治对策、微生物杀虫剂的发酵生产工艺及应用技术等。重点开展芽孢杆菌的基因组学和功能基因研究。
2、环境微生物学
开展微生物降解有机污染物的基础和应用基础研究。在生物化学和分子生物学水平上研究其降解机理和代谢途径，揭示降解基因簇和酶系的组成与功能、进化及其调控；运用优良降解菌种发展建立环境生物修复技术并进行修复中的分子生态学研究。
3、病原细菌
以重要临床感染病原细菌为研究对象，通过对细菌的群体感应（Quorumsensing）系统调控和相关重要功能蛋白的研究，从蛋白组和代谢组等水平揭示病原细菌生物膜（biofilm）形成、耐药以及耐酸的机理。
4、病毒分子生物学及基因工程
主要从事昆虫病毒的分子生物学和基因功能、病毒的基因工程方面的基础和应用基础研究。近期开展的主要研究工作包括昆虫病毒的超微结构，与杀虫性能相关的功能基因的鉴定，利用基因工程技术对杆状病毒进行遗传改良，重组病毒的环境生态学以及生物安全性评价等。
5、应用微生物学与基因工程
开展防病抗虫微生物、趋磁微生物、浸矿微生物等应用微生物的基础与应用研究。重点开展苏云金芽孢杆菌、趋磁细菌、浸矿微生物等微生物菌种和基因资源的发掘、功能基因组学、磁小体合成和微生物浸矿的分子机理等研究；利用基因工程技术，开展应用微生物菌株的遗传改良和优良工程菌的构建。开展趋磁细菌及其生物磁性纳米材料-磁小体的规模化制备技术、微生物冶金技术研究及新型Bt杀虫剂（包括基因工程杀虫剂）的研制和抗虫转基因植物研究，评价基因工程Bt杀虫剂和抗虫转基因植物的生态安全性。探索趋磁细菌及其磁小体在医学、污水处理等领域的应用和Bt抗人类肿瘤细胞等的活性及机理。
6、病毒分类学与分子系统学
运用病毒学传统分类与分子检测技术，开展重要医学病毒的溯源研究、病毒遗传变异和分子进化研究，重点开展流感病毒、出血热病毒和疱疹病毒的分子流行病学、分子生物学及病毒基因组学研究。同时开展新生病毒性传染病和重要人畜共患病毒病的分子流行病学研究。
7、生物信息学
生物信息学学科组主要研究驱动病毒进化的机制。从几个方面来研究这样问题。首先，通过比较基因组和系统发生分析，鉴别不同病毒之间的差异，以及了解这些差异是如何导致可逆的选择优势；其次，运用数学方法建立病毒感过程和流行病学模型；然后新开发用于知识发现的数据挖掘算法。生物信息学学科组的研究与研究所其他课题组及其他科研单位密切合作，对实验数据进行深入分析。目前所进行的研究对象包括HIV、HSV、JEV、Bacillussphaericus和Yersiniapestis。
生物化学与分子生物学专业（071010）
本专业形成了以分子病毒学研究为核心，以高新技术平台的建设为基础，创造性地研究重要病毒的特性和生命现象，主要开展重要病毒的遗传调控、病毒和宿主的相互作用、病毒致病的分子机理和防治技术，不断发展和深化本领域的基础理论和方法，解决人口健康和我国农业可持续发展的关键性理论与实际问题。主要研究成果多次获得国家、省部级奖励。在病毒的分子病毒学等方面达到国际先进水平；在病毒与微生物基因芯片、生物传感器、分析用酶的分子操纵三个方面形成了明显特色，通过引进人才，医学分子病毒学的研究高起点，正逐步成为我所重要的研究方向。各研究组均与国际上相关的研究单位建立了长期稳定的合作与交流。目前承担有国家973、杰出青年基金、国家自然科学基金、863和国际合作等项目。
研究方向：
1、艾滋病毒分子生物学
针对HIV/AIDS，近期主要开展如下研究工作：HIV基因亚型变异进化及HIV基因重组形成机理研究、HIV基因突变与耐药形成机理研究、HIV致病机理研究、HIV与其他病毒共感染形成机制及病毒间相互作用研究、HIV/AIDS临床和实验室诊断检测技术研究；HIV及SHIV感染性分子克隆制作及应用技术研究；HIV/AIDS实验动物模型研究；艾滋病疫苗研究等HIV/AIDS相关基础及应用基础研究。
2、肝炎病毒
开展乙型肝炎病毒（HBV）和丙型肝炎病毒(HCV)的分子流行病学和分子生物学研究。研究病毒遗传变异和病毒与宿主（细胞）相互作用，揭示病毒复制、致病的分子机理，研制基因工程疫苗，利用基因封闭技术如反义寡核苷酸、反义RNA、小分子RNA干扰、核酶技术和诱饵技术等，为慢性乙型肝炎提供治疗策略。同时从事杆状病毒作为基因治疗载体的基础和应用基础研究。
3、分子病毒学及生物工程技术
主要研究病毒感染及病毒与宿主相互作用的分子机理；利用生物工程平台技术进行外源基因表达及抗病毒药物等。近年研究的主要内容为杆状病毒感染的分子机理；病毒膜融合蛋白与受体相互作用的分子机理；新疆出血热病毒的分子生物学；病毒基因工程技术等。
4、新发病毒分子流行病学
人畜共患病学科组主要从事与人畜健康密切相关的新生和动物源性病毒的分离鉴定及相关检测技术的研究；开展动物源性人类传染病病毒病原、人畜共患病毒的分子流行病学、病毒的变异和分子进化、病毒与宿主免疫系统的相互作用和病毒跨物种感染分子机制的研究。近年来的主要研究方向集中在新生病毒病原的鉴定、SARS冠状病毒与宿主免疫系统的相互作用以及高致病性猪生殖与呼吸综合症病毒的致病机理的研究。
5、分析病原微生物学
主要研究方向包括：研究病毒与活细胞（活体）的相互作用实时过程分子影像，揭示艾滋病毒潜伏感染和流感病毒等侵染过程等机制;研究结核杆菌耐药机理，揭示结核杆菌耐药通路和关键蛋白质功能;通过蛋白质工程的研究，获得高效分析诊断用酶、重要工业用酶及农药降解酶等；研究重要病原和病毒的快速、灵敏检测分析新方法与技术；主要研究手段包括分子生物学、纳米生物学、病毒分子影像学、分子酶学、免疫学和生物传感技术等。
6、抗病毒药物研究
主要研究方向包括丙型肝炎病毒及卡波氏肉瘤相关人类疱疹病毒基因组复制机制的研究、抗病毒药物筛选新靶标的发现、抗病毒药物筛选以及抗病毒药物的作用机理等方面的研究工作。涉及的病毒主要有人类免疫缺陷病毒（HIV）、肝炎病毒（HBV和HCV）、流感病毒等。
7．分子病毒学及免疫学
以单纯疱疹病毒（HSV）为研究对象，以分子生物学及病毒免疫学等方法研究病毒与宿主细胞相互作用的分子机理，以及HIV及HCV感染导致的免疫缺陷，免疫逃逸等机理，研制抗病毒疫苗，探索新的诊断及治疗方法。
以艾滋病毒HIV为研究对象，从分子、细胞、粘膜和个体水平研究艾滋病毒与寄主细胞相互作用的分子机制，并研究和寻找能抑制病毒侵入和传播的分子途经。研究内容包括：病毒包膜蛋白与其受体的相互作用，病毒与树突状细胞和巨噬细胞的相互作用，病毒粘膜感染机制，病毒在寄主体内的进化、适应及致病研究。
8、粘膜免疫与病毒感染
大多数感染性病原都是通过粘膜表面侵入机体的。粘膜及粘膜免疫机制是机体防御感染的第一道防线。越来越多的研究表明粘膜免疫应答机制在预防感染性疾病中十分重要。特异的粘膜免疫应答诱导产生的分泌性IgA(sIgA)抗体在预防包括病毒在内的感染性病原的入侵中起着关键作用，是粘膜免疫保护作用的主要机制。本研究方向主要进行粘膜免疫抗病毒机制及其应用研究。研究内容以麻疹病毒、艾滋病病毒、SARS冠状病毒等为主要研究对象，研究IgA抗体在粘膜免疫防御中的抗病毒功能及其应用，包括IgA单克隆抗体和粘膜疫苗的抗病毒免疫预防和治疗；粘膜疫苗、粘膜佐剂与粘膜上皮细胞的相互作用及粘膜免疫效应研究等。
9、病毒生物化学
用蛋白质生物化学、结构生物学等技术，以乙型肝炎病毒、乙型脑炎病毒、巨细胞病毒为模式病毒，研究病毒蛋白-宿主蛋白、病毒蛋白-病毒蛋白、病毒蛋白-病毒核酸之间的相互作用介导病毒进入宿主细胞和病毒颗粒组装的分子机制，在此基础上，结合生物信息学、组合化学新方法，发展多肽或小分子抗病毒新药。同时，研究人朊病毒疾病（Priondisease，如克雅病、家族性失眠症）和神经退变疾病（帕金森症等）的基因突变、蛋白质错误折叠与宿主蛋白质质量控制体系。
10、病毒结构与功能研究
主要以草鱼呼肠孤病毒（GCRV）为模型，研究无包膜dsRNA病毒衣壳蛋白的结构与功能。目前主要研究内容包括：1）内源性dsRNA在核衣壳内的转录与复制机理与结构基础；2）病毒外衣壳蛋白在病毒侵染过程中与宿主细胞受体结合位点及相互作用的分子机理；3）比较GCRV与其它dsRNA病毒在基因组与结构蛋白水平上的异同。
11、肿瘤病毒
主要开展肿瘤病毒的分子流行病学研究，开发检测肿瘤病毒的试剂盒；探讨肿瘤病毒的致病机理，研究肿瘤病毒与宿主的相互作用，揭示肿瘤病毒致细胞恶性转化的分子机理，重点研究肿瘤病毒与细胞内信号转导途径的关系，探索治疗肿瘤病毒的分子靶点；同时研究肿瘤病毒与HIV的相互作用的分子机制。研究成果将为探索预防与治疗由病毒引发的癌症等疾病提供科学依据。
3.生物工程专业（430139.全日制专业硕士，挂靠中科院研究生院）