经网上投票和全校范围内评选，评出该校2006年十大新闻。
1、全校师生经三年多艰苦评建，终以优异的工作学习状态，接受了教育部专家组对该校本科教学工作水平现场考察评估。
2、该校科技自主创新模式受到省委、省政府高度关注，校长欧阳平凯院士、副校长徐南平院士分别在全省科技创新大会和全省高校科技创新大会上作典型发言，中央、省、市媒体广泛报道。江苏省重点研发机构建设项目——“江苏省工业生物技术创新中心——共性技术实验室”启动；该校科技自主创新产业基地在浦口奠基，标志着该校“一园两区、跨江发展”的科技创新格局初步形成。
3、中共江苏省委宣布对该校领导班子调整的决定：文晓明教授任校党委书记。原校党委书记王卓君教授调任苏州大学党委书记。
4、为庆祝南京工业大学成立5周年暨办学104周年，学校举行系列活动：南京工业大学校友会和南京工业大学董事会成立；时钧园落成；召开“高等工程教育科技高层论坛”；举办山东省——南京工业大学产学研合作洽谈会。
5、欧阳平凯院士主持的《生物分离工程》，入选教育部2005年度国家精品课程。
6、身患白血病的地信0302班徐磊同学病榻上不忘资助希望小学贫困生，被媒体誉为“江苏的丛飞”；该校西部计划志愿者魏泽熙入选团中央组织的“奉献者风采——在西部基层工作的优秀毕业生事迹报告团”。中央电视台《东方时空》栏目播出该校以一位学生家长的来信为切入点，围绕网络问题开展思想政治教育系列活动专题节目。
7、学校生物化工、化工过程机械、材料物理与化学、材料学、岩土工程、工业催化、安全技术及工程、发酵工程等8个学科入选江苏省“十一五”重点学科。
8、欧阳平凯院士当选为江苏省科协副主席；徐南平院士当选为中国科协第七届全国委员会委员并荣获“全国杰出专业技术人才”称号；巩建鸣教授、杨解君教授入选“新世纪百千万人才工程”；刘伟庆教授荣获“江苏省有突出贡献中青年专家”称号；管国锋教授荣获“江苏省教学名师”称号。
9、该校24位教师获得25项国家自然科学基金项目资助，资助率和资助额度创历史新高。
10、徐南平院士当选为中共江苏省第十一届委员会委员。中共江苏省委从全省高校中选拔了20名优秀干部到省市党政机关挂职锻炼，其中徐南平同志任苏州市副市长，聂琦波同志任徐州市市长助理。