2006年7月，浙江大学被教育部列为研究生培养机制改革试点高校。当年11月，随着《浙江大学研究生培养机制改革方案》的形成，一项又一项具体措施开始在研究生培养的各个环节酝酿，并在2007级研究生中正式实施。最先开始实施的，是《研究生招生指标配置改革方案》和随后实行的《研究生招生考试方法改革方案》及《导师自主遴选博士生方案》。改革方案明确了导师在研究生招生和培养过程中的自主权和主导性，将学科的科学研究、学科水平、培养质量作为招生计划分配的影响因素。一般来说，越是具有科研活力的导师，从学校得到的招生指标就越多，但方案规定了招生数上限——每位导师每年招收的研究生不能超过3个硕士生和2个博士生。
在招生选拔环节上，方案有两项明显的改变：一是录取成绩的计分权重变了；二是扩大了导师的招生自主权。在过去的研究生招生，特别是博士生招生中，主要依据就是考生的初试成绩，也就是卷面成绩。但因为专业跨度大，各专业命题的难易尺度比较难统一，所以最终录取分数线实际上变成了外语分数线，卷面成绩的0.5分之差，都会直接导致一个考生的落选。研究生中“考分不低，能力欠缺”的现象更是让导师们头疼。新的考试方法除增加了面试的权重外，复试的内容和形式也有了很大变化。在复试过程中，导师可以根据学科的不同特点设置面试环节，比如模拟课题申报、实验设计以及有效获取信息等，考查考生的科研基本能力和创新思维能力。
在改革的实验阶段，学校将农学院和机械与能源工程学院列为试点单位。据统计，有90名低于学校的复试分数线的考生提出破格复试和录取申请，最终有43名学生通过审核被破格录取，其中有20名是低于外语分数线的考生。这些考生大都曾在硕士研究生阶段就已有高质量的科研论文发表，有的还承担过省级科研项目。
《导师自主遴选博士生方案》从2008年春季开始实施。方案规定，浙江大学列入当年该校博士招生目录的两院院士、长江特聘教授、国家杰出青年基金获得者、优博论文（含提名奖）指导教师，在学院的招生总指标规模内，可以自主遴选招收博士生。有资格自主招生的博导，可以自主发现并向学院研究生招生工作领导小组提出申请，并可同时推荐多名学生参加考核，但通过自主遴选途径每年限招1名非在职攻读博士学位的研究生。而申请者最终也必须面对学院组织的专家考核小组实施的多样化的考核。
浙江大学副校长、研究生院院长来茂德说，在我国当前教育资源还非常稀缺的条件下，博士生招生制度的改革要处理好科学性与公平性问题，既要关注实质上的公平，选拔出合适的人才，又要关注选拔程序的公平公正。