内蒙古共有13所二本大学参与了排名，其中排名第一的是内蒙古工业大学，排名第二的是内蒙古医科大学，排名第三的是内蒙古科技大学。
以下是所有内蒙古二本大学排名2016，根据2015年理科二本录取平均分排名，包含部分专业在二本招生的一本大学。
2016内蒙古二本大学排名及分数线
内蒙古二本大学排名及分数线2016
| 内蒙古二本大学排名 | 学校名称 | 学校所在地 | 录取批次 | 录取线差 | 分数线 | 录取平均分 |
| 1 | 内蒙古工业大学 | 内蒙古 | 本科二批 | 89 | 336(第二批) | 425 |
| 2 | 内蒙古医科大学 | 内蒙古 | 本科二批 | 81 | 336(第二批) | 417 |
| 3 | 内蒙古科技大学 | 内蒙古 | 本科二批 | 79 | 336(第二批) | 415 |
| 4 | 内蒙古农业大学 | 内蒙古 | 本科二批 | 65 | 336(第二批) | 401 |
| 5 | 赤峰学院 | 内蒙古 | 本科二批 | 42 | 336(第二批) | 378 |
| 6 | 集宁师范学院 | 内蒙古 | 本科二批 | 41 | 336(第二批) | 377 |
| 7 | 河套学院 | 内蒙古 | 本科二批 | 41 | 336(第二批) | 377 |
| 8 | 内蒙古师范大学 | 内蒙古 | 本科二批 | 34 | 336(第二批) | 370 |
| 9 | 呼伦贝尔学院 | 内蒙古 | 本科二批 | 30 | 336(第二批) | 366 |
| 10 | 鄂尔多斯应用技术学院 | 内蒙古 | 本科二批 | 29 | 336(第二批) | 365 |
| 11 | 内蒙古民族大学 | 内蒙古 | 本科二批 | 27 | 336(第二批) | 363 |
| 12 | 内蒙古师范大学鸿德学院 | 内蒙古 | 本科二批 | 14 | 336(第二批) | 350 |
| 13 | 内蒙古大学创业学院 | 内蒙古 | 本科二批 | 11 | 336(第二批) | 347 |